Специальный аудит проводится в соответствии с целями и пожеланиями заказчика, в любое время и в тех объемах и формах, которые будут установлены решением органа управления предприятия-заказчика или его собственниками.

Данный вид аудита обычно проводится с целью получения органами управления объективной и независимой информации о состоянии финансово-хозяйственной деятельности (в том числе о допускаемых нарушениях).

В частности распространены следующие виды специального аудита:
Налоговый – проверка полноты и правильности исчисления налогов, осуществления расчетов с бюджетом по налоговым обязательствам, выявление существующих и потенциальных налоговых рисков, а также имеющихся неоправданных переплат по налогам.
Ревизионный – направлен на оценку эффективности менеджмента и управления бизнесом. При ревизионном аудите проводятся: оценка целесообразности принятия управленческий решений, оценка организации сохранности товарно-материальных ценностей, инвентаризация имущества и обязательств, выявляются факты и риски вывода активов и предъявления имущественных претензий.
Аудит сопутствующий сделкам слияния, поглощения, приобретения и продажи бизнеса. С целью определения более точной оценки стоимости бизнеса требуется вносить корректировки в бухгалтерскую (финансовую) отчетность компании, на что и направлен данный вид аудита. На основании данных специального аудита осуществляется корректировка, уточняется информация о реальных активах и обязательствах компании. Как правило, реальная стоимость компании существенно отличаться от стоимости, определенная без такого аудита.